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Visiome Platform

操作ガイド


Visiome Platform運用委員会

2010年3月18日


目次

Visiome Platformとは

近年,脳・神経科学分野における研究成果は膨大であり,その解析手法 なども多岐にわたることから,研究成果の共有や利用が非常に困難な 状況となっています.

Visiome Platformは,こうした問題を解決するための デジタルアーカイブのひとつであり,インターネット経由でアクセスする形で, 視覚研究にかかわるあらゆる情報を収集,公開,保管することを目的とした ウェブ・データベースです.

Visiomeを利用するにあたって

ユーザ登録

Visiomeではゲストユーザとしてでもコンテンツの閲覧や一部ダウンロードが可能ですが,アイテムの登録や登録ユーザに利用を限定したアイテムは利用出来ません. 登録ユーザになるためには,アカウント登録を行う必要があります.

トップ画面のLoginを選択してログイン画面に移動した後,「登録」リンクを選択します. アカウント申請画面において,各項目を出来るだけ英語で入力し,入力が終わったら送信してください. 「*」マークがついている必須事項ですので忘れずに入力してください.

送信後しばらくすると,登録したメールアドレスにアカウントをアクティベートするコードが送られてきます. メールに記載されているURLにアクセスしてアカウントをアクティベートすると,登録が完了します.

\includegraphics[width=14cm,clip]{fig/2-1.login.eps}
\includegraphics[width=14cm,clip]{fig/2-1.register.eps}

ログイン

アカウントのアクティベート後,ログイン画面のログイン欄にユーザ名とパスワードを入力し,ログインしてください. ログインすると全てのコンテンツが利用できるようになります.

\includegraphics[width=14cm,clip]{fig/2-2.login.eps}

登録情報の変更

登録情報の変更は,ログイン後メインメニューのMy accountを選択後プロフィール編集から行えます. 所属機関,署名,パスワードなど変更する情報があるときはこちらから変更してください.

\includegraphics[width=14cm,clip]{fig/2-3.profile.eps}

コンテンツについて

画面構成

\includegraphics[width=10cm,clip]{fig/3-1.top.eps}

1. メインメニュー

メインメニューは全てのページの最上部に常に表示されます.ここから様々なページに移動することが出来ます.


\includegraphics[clip]{fig/home.eps}
[Home]

トップページに移動します.

 
\includegraphics[clip]{fig/login.eps}
[Login]

ログイン画面に移動します.既にログインしている場合は表示されません.

 
\includegraphics[clip]{fig/logout.eps}
[Logout]

ログアウトします.ログインしている場合のみ表示されます.

 
\includegraphics[clip]{fig/account.eps}
[My account]

アカウントの設定を行います.ログインしている場合のみ表示されます.

 
\includegraphics[clip]{fig/contribute.eps}
[Contribute]

アイテムの登録を行います.ログインしている場合のみ表示されます.詳しくは次章で説明します.

 
\includegraphics[clip]{fig/help.eps}
[Help]

ヘルプです.Visiomeを構成しているXooNIpsの詳細な設定と,簡単な使い方が記載されています.

 
\includegraphics[clip]{fig/contact.eps}
[Contact us]

サイトの管理者に連絡をとります.

 
\includegraphics[clip]{fig/lang.eps}
[言語切り替え]

表示言語を切り替えます.国旗を選択するとその国の言語に変わります.

 

2. Search

キーワードを入力して登録されているアイテムを検索することが出来ます. 空白文字で区切った複数のキーワードによるAND検索や,特定のアイテムに絞っての検索が可能です.

また,「詳細検索」をクリックするとアイテムごとにタイトルや日付,開発者などでの検索が出来ます.

詳しくは次章で説明します.

3. Index Tree

Index Treeは登録されているアイテムをユーザに分かり易い形で分類・管理する索引です. この索引を利用すると,アイテムを項目別に検索することが出来ます.

アイテムについては次節で説明します.

4. User Menu

このメニューは登録ユーザのみに表示されます.アイテム登録やメッセージのやりとりなどはここから行います.

  • 新規アイテム登録
    アイテムの登録を行います.詳しくは次章で説明します.

  • ユーザ一覧
    Visiomeに登録されているユーザを表示します.

  • グループ一覧
    Visiomeに登録されているグループを表示します.

  • イベント通知機能
    XOOPSの機能を利用し,承認や変更などのイベント通知に関する設定を行います.

  • 受信箱
    他のユーザなどからのメッセージを保管しています.

  • アイテム一覧
    登録ユーザが自分で登録したアイテムの一覧を表示します.

  • プライベートツリー編集
    プライベートツリーの作成や編集を行います.

  • ログアウト
    ログアウトします.

  • アイテム移譲要求
    自分で登録したアイテムの編集権限を他のユーザに移譲する要求を出します.

    アイテムの編集権限はそのアイテムを登録したユーザにあるため,ユーザが退会する場合などにアイテムの編集権限を他のユーザに移譲する場合に使用します.

  • アイテム移譲許可
    アイテムの移譲要求に対し,その要求への許可および拒否を行います.

5. Site Information

Visiomeについての情報を見ることが出来ます.
  • Instructions for Use
    動作環境や使用上の注意が記載されています.

  • Copyrights
    Visiomeで扱うアイテムやデータの著作権について記載されています.

  • Privacy Policy
    登録ユーザの個人情報の扱いについて記載されています.

  • 運営母体
    運営母体についての情報が記載されています.

6.メイン画面

トップページの大部分を占めるのがメイン画面です. メイン画面には新しく登録されたアイテム,最も多く閲覧されたアイテム,最も多くダウンロードされたアイテムなどが常に表示されています.

アイテム

Visiomeにはデータ,文章,モデルなど様々なコンテンツが登録出来ますが,登録したコンテンツのことをアイテムと呼びます. アイテムには登録の際にメタ情報をつけます. アイテムの登録に関しては次章で詳しく説明します.

メタ情報

メタ情報は,登録・作成・説明・利用承諾などのアイテムの属性に関する情報を指します. アイテムタイプごとに持っている情報が異なるので,アイテムタイプごとに登録する際に入力するメタ情報の内容が異なります.

アイテムタイプ

登録できるアイテムは全部で9種類あり,アイテムタイプと呼びます. アイテムタイプには次のような種類があります.

  • Binder
    Binderは特定のテーマに関連する登録アイテムリストのことです. これを見ると特定のテーマについてどのようなアイテムが登録されているかがわかります.

  • Model
    実験の前提となるモデルや実験結果から構築されたシミュレータやモデルなどを登録するアイテムタイプです.

  • Data
    実験に用いたデータを登録するためのアイテムタイプです.

  • Stimulus
    入力刺激に関係するアイテムを登録するためのアイテムタイプです.

  • Tool
    刺激提示用プログラムやデータ解析用プログラムなどを登録するアイテムタイプです.

  • Presentation
    発表資料や講義資料を登録するためのアイテムタイプです.

  • Paper
    論文を登録するためのアイテムタイプです.PubMedIDがわかる場合はそれを入力することにより,メタ情報を自動的に取得・補完できます.

  • Book
    ニューロインフォマティックスに関する書籍を登録するためのアイテムタイプです.ISBNがわかっているものであれば,ISBNを入力することにより情報を自動的に取得・補完できます.

  • URL
    ニューロインフォマティックスに関する情報コンテンツを持つWebページを登録するためのアイテムタイプです.

Visiome Platformの基本的な使い方

検索

Visiome Platformの検索機能の使い方について説明します. なお,検索機能はユーザ登録なしでも利用することができます.

通常検索

Visiome Platformのページ左上に,コンテンツの検索ボックスが用意されています(図4.1).

図 4.1: 検索
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_kensaku1.eps}

通常検索では,ボックス内に検索したいキーワードを入力し,「検索」 ボタンをクリックします(図4.2左). この例では,「cone」というキーワードで検索を行っています. また,このとき,検索を行うカテゴリを選択することもできます(図4.2右).

図 4.2: 通常検索
\includegraphics[width=0.6 \textwidth]{fig/vp_kensaku2.eps}
\includegraphics[width=0.6 \textwidth]{fig/vp_kensaku3.eps}
 

詳細検索

検索ボックスの下にある詳細検索をクリックすると, 詳細検索のページにジャンプします(図4.3). 詳細検索では,アイテムごとの検索ができます.また,詳細な検索条件を指定することもできます.

図 4.3: 詳細検索のページ
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_kensaku_ad1.eps}

たとえば,タイトルに「cone」という単語を含む論文を検索したいときは, 次のようにします.

  1. 4.3のページの「Paper」のチェックボックスを クリックする.
  2. タイトル欄に「cone」と入力する.
  3. 検索ボタンをクリックする.

図 4.4: 検索例
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_kensaku_ad2.eps}

図 4.5: 検索結果
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_kensaku_result.eps}

このほか,出版年や掲載雑誌名などを指定することもできます.

検索結果は図4.5のように表示されます.

表示内容は以下のとおりです.

  • 検索キーワード
    検索に用いたキーワード.
  • 並び順
    検索結果の並びを指定.タイトル,ID,最終更新日,作成日,日付で並び変える. また, $\blacktriangledown/\blacktriangle$で結果の降順/昇順を変更する.
  • No.Item per page
    1ページに表示するアイテム数を指定する.

コンテンツのダウンロード

Visiome Platformに登録されているコンテンツはダウンロードして利用することが できます.ここでは,モデルのダウンロードを例として手順を説明します.

  1. ダウンロードしたいアイテムのタイトルをクリックすると図4.6 のようなページにジャンプする.
  2. ReadmeとRightsを確認する. 特に,Rightsはライセンスについて書かれているので,再配布などを行おうと考え ている場合は注意が必要である.
  3. モデルファイル欄のリンクもしくはダウンロードボタンをクリックしてモデルを ダウンロードする.その時に図4.7のようなポップアップが表示され ライセンスへ合意するかを尋ねられるので,ライセンスに合意できる場合は 「ライセンスに合意します」にチェックを入れダウンロードを行う.

Visiome Platformでは非登録ユーザに制限がかけられており, すべてのアイテムをダウンロードするにはユーザ登録とログインが必要です.

図 4.6: ダウンロードページ
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/vp_donw1.eps}
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/vp_donw2.eps}
 

図 4.7: ライセンス
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/license.eps}

コンテンツのアップロード

コンテンツのアップロードの手順を説明します.

  1. コンテンツのアップロードを行うにはユーザ登録とログインが必要である. ユーザ登録がまだの場合は先に登録を行う.
  2. アップロードページへ移動する.
    アップロードページへは,ログイン後,画面上部に表示される「Contribute」 アイコンか,ユーザメニューの新規アイテム登録からジャンプできる (図4.8).
  3. アップロードするアイテムの種類を選択する(図4.9).
    アイテムの種類によって登録の手順が多少異なる.ここではModelを選択したとする.
  4. 各項目を入力していく.Modelの場合,図4.10のようになる.
    • 必ず入力する項目
      • タイトル
        アップロードするモデルのタイトルを入力する.
      • モデルタイプ
        モデルが何で記述されているか選択する.
      • 作成者
        「追加」をクリックすると入力ボックスが表示されるので,そこに 作成者を入力する.
      • モデルファイル
        アップロードするモデルファイルを選択する.
      • インデックス
        左上のIndex Treeから登録する場所を選択する.
    • それ以外で入力すべき項目
      • ダウンロード制限
        アップロードしたコンテンツのダウンロード制限を設定する. 全てのユーザにすると,非登録ユーザでもダウンロードできるようになる.
      • Readme
        モデルの動作条件などがある場合は,編集しておくと良い.
      • Rights
        アップロードしたコンテンツのライセンスを設定する. 「Some rights reserved」の場合,下の2つの質問の組み合わせで 適切なライセンスを選ぶことができる.独自のライセンスを 設定したい場合は,「All rights reserved」を選択し,その後 編集からライセンス条項を付加する.
  5. 一通り入力したら次へをクリックする.
  6. アップロード内容の確認画面が表示される(図4.11). 間違いがなければ,登録をクリックする.これでコンテンツのアップロードは 完了である.

図 4.8: アップロード画面へのリンク
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/vp_up1.eps}
\includegraphics[width=0.7 \textwidth]{fig/vp_up1-2.eps}
 

図 4.9: アップロードするアイテムの選択
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_up2.eps}

図 4.10: 入力項目(Modelアップロードの場合)
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/vp_up3.eps}
\includegraphics[width=0.9 \textwidth]{fig/vp_up3-2.eps}
 

図 4.11: アップロード内容の確認
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/vp_up4.eps}

ライセンスについて

Visiome Platformにコンテンツを登録する際に,再利用の範囲を定めるライセンスも 登録する必要があります. Visiome Platformでは「Some Rights Reserved」を推奨しています. これは,「All Rights Reserved」と「No Rights Reserved」の中間にあたる考え方 です.

Visiome Platformはライセンスの発行を支援する機能を有しており,コンテンツの 登録時に簡単な質問に答えることで6種類のライセンスの中から適切なものを選ぶ ことができます(図4.12). これにより,少なくとも再配布の際には原典の著作者を明記することが規定されます.

また,独自のライセンスを取りきめることも可能です. このようなときは,「All Rights Reserved」を選択したのち,それらのライセンス 条項を付加します.

図 4.12: ライセンス発行の仕組み
\includegraphics[width=0.8 \textwidth]{fig/rights.eps}
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